Отделение было организовано в 1965 году и стало основой Всесоюзного научно-методического Центра медицинской сексологии и сексопатологии и позже Федерального научно-методического Центра медицинской сексологии и сексопатологии – официального ведущего учреждения среди научных, лечебных и образовательных учреждений данного профиля. Основатель отдела профессор Посвянский Павел Борисович, руководил отделом до 1973 года; затем возглавлял отдел и центр профессор Васильченко Георгий Степанович; с 1992 года руководил отделением профессор Кибрик Николай Давидович; в настоящее время отделением руководит доктор медицинских наук Ягубов Михаил Ибрагимович.
В основе научно-практической деятельности специалистов-сексологов отделения, лежит междисциплинарный подход, включающий психиатрические, психологические, эндокринологические, неврологические, урологические и гинекологические методики.
Научными разработками отделения на данном этапе являются "Разработка прогностических маркеров сексуальных дисфункций, сексуальных дисгармоний и нарушений гендерной идентификации, в том числе, у пациентов с психическими
расстройствами на основе клинико-патогенетических, нейробиологических и психопатологических исследований".
Отделение сексологии и терапии сексуальных дисфункций традиционно является основной базой профессиональной подготовки специалистов-сексологов не только из России, но практически из всех стран постсоветского пространства. Такое положение позволяет на протяжении многих лет оставаться флагманом не только в подготовке специалистов-сексологов, пользующихся заслуженным уважением в России и других странах, но и разрабатывать и внедрять новые методики для обследования и лечения пациентов.